八十年代初，一眾來自中國美術學院，浙江大學，南開大學以及西泠印社的藝術家與學者希望在杭州西子湖畔組建一所獨立機構，通過對中國文化研究與藝術實踐，接續八百年前西子湖畔南宋畫院之脈絡，重拾中國文化之薪火，以延承中國藝術精神。

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一九八九年四月，張松英女士募資承包杭州湖墅書畫社，為畫院之建立奠定基礎。

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一九九五年，受杭州湖墅書畫社資助，大震國學在孤山文瀾閣成立，作為現畫院之前身。 九七年，大震國學與大震畫廊搬離孤山，與拱墅區政府合作，共同運營湖墅書畫社。 同年，為尋求獨立性，杭州湖墅書畫社機構重組，設立杭州梅蘭書畫社。

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二零零二年五月，原西湖孤山大震國學、杭州湖墅書畫社及杭州梅蘭書畫社正式合併為武林書畫院，以杭州古稱武林為名，武寓於止戈修文，林有良才匯聚之意。畫院承續梅蘭研學理念，以聚有志於接脈正統文化之士。二零零六年，畫院由吳山遷址古湧金門，坐枕湖山文脈，隔湖對望孤山文瀾閣，悉心致力，祈念中國文化之再興。

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